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單個斑馬魚胚胎的基因型鑒定


一步法試劑(YSY Buffer)用于單個斑馬魚胚胎的基因型鑒定

1、斑馬魚早期發(fā)育胚胎的收集

收集發(fā)育至4-、8-、16-、32-、64-128-、256-、512-、1K-、和4K-細胞期、以及50%外包期和75%外包期等不同發(fā)育時期的胚胎各3枚置于0.2 mlPCR管中。盡可能吸去胚胎中的水溶液,然后將胚胎置于冰盒中備用?!?strong>適用于經(jīng)胚胎整體原位雜交后的單個胚胎的基因型鑒定】。

 

2、單個胚胎基因組DNA模板的制備

在盛有單個胚胎的PCR管中加入3.0 mlYSY Buffer,快速離心確保溶液和胚胎均位于PCR管底,然后放入PCR儀中執(zhí)行60℃ 30 min、95℃ 10 min、16℃ 1 min的基因組DNA模板制備程序。

 

3467bpvps28基因組片段的直接擴增

按常規(guī)方法配制PCR反應(yīng)液(每胚胎30 μl擴增體系)27 μl15 μl 2 × PCR Master mix、1.2 μl正向引物(引物序列為: GCCCTAGCTGGATATTTCAC;5 μM)、1.2 μl反向引物(引物序列為: CCCACCCTGAACTAAATGCA;5 μM)9.6 μl超純水,混勻,快速離心。將配制好的27 μl PCR反應(yīng)液直接加入前述制備好的單個胚胎基因組DNA模板的PCR管中,快速離心后,放入PCR儀中,執(zhí)行如下DNA擴增程序:95 ℃ 3 min、30 × (95 ℃ 15 sec, 58 ℃ 15sec, 72 ℃ 15 sec)72 ℃ 5 min。

 

4、凝膠電泳觀測

制備1.5%的瓊脂糖凝膠(含0.5 μg/ml 溴化乙錠),以移液槍吸取5 μl PCR反應(yīng)產(chǎn)物加入樣品孔中進行常規(guī)電泳(電壓200 V,電泳15 min)。電泳結(jié)束后,在凝膠成像儀中觀測并拍照記錄。

圖一、單個斑馬魚發(fā)育早期胚胎vps28基因的467 bp基因組DNA片段的擴增結(jié)果。64-細胞期的單個胚胎中可微弱的基因組DNA擴增信號,自256-細胞期的單個胚胎則可見明顯擴增產(chǎn)物,自4K-細胞期的單個胚胎的467 bp基因組DNA片段擴增條帶則清晰明亮。